鄄城马爱云医院是院长马爱云为给患者提供较好就医而创建，以院长姓名而命名。医院在各级领导的重视关心和社会各界的大力支持下，经过十八年的不懈努力，实现了有小到大，由弱到强的健康发展，成为鄄城及周边实力较强的民营医院。概括其发展历程，主要经历了单科、多科到全科三个主要发展阶段。
医院始建于1999年秋，为院长马爱云看到当时就医条件简陋，为提供较好就医环境，而筹资建设的。建院初期，由于医疗市场尚未放开，作为梁堂医院妇科命名，在五路南段梁堂医院北邻租用五间平房作为门诊和病房，主要开展妇科、产检等妇科常见病的诊治，医护人员3名，设床位10张，配备了一些必要的医疗设备，如血压计、听诊器、产床等。开展亲情化服务，为患者提供必要的生活用品和就餐服务，极大地方便了患者，精湛的技术，亲情化的服务吸引了许多患者治疗，2000年10月在不能满足患者就医需求的情况下，病房扩展到7间，床位增加到30张。2001年9月随着医疗市场的放开，为更好满足患者需求，申请注册鄄城马爱云妇儿医院，并于2003年10月在五路北段筹划建设医院大楼，2005年5月新办公楼竣工。
2005年9月新办公楼启用，医院发展进入第二阶段，根据需要逐步增设儿科、内科、不孕不育科三个专业科，成立了院领导班子，设立了分管业务及后勤副院长，建立了必要的规章制度，建设了高标准病房，设床位68张，医护人员增加到36人，配置了心电图、B超机、X光机，聘请县人民医院原妇产科主任陈宝兰、郓城县人民医院邹兴梅等专家长期在医院坐诊，主要从事妇科、儿科、内科常见病和疑难病症的诊治。同时，把人才培养作为立院之本，采取送出去学，请进来教的办法，选拔优秀青年医师，到北京301医院、省立医院、齐鲁医院等高等医院进修学习，培养造就了一大批高技能青年医师。全体医护人员，齐心协力，敬业实干，始终把患者需求作为不懈追求，不断强化管理措施，完善服务功能，从搭建病人厨房、免费为患者看车做起，为患者提供免费接送、上门询访、先治疗后交费等服务，较好的方便服务了群众就医，到医院治疗患者连年增加，就医群众范围逐步扩大，延伸到鄄城及周边郓城、牡丹区以及河南。为满足患者需求，提供更好的医疗条件，2009年初，医院高标准定位，高起点规划，在原办公楼基础上，扩建了门诊楼，科研楼，实现了三位一体化建设。
2010年9月伴随着门诊楼、科研楼的投入使用，医院发展进入到第三阶段。医院进一步增设了乳腺、中医、疼痛、超声、放射、检验、麻醉等专业科室，设立了护理部、办公室、宣传科、后勤部、保卫科等服务科室，医院班子逐步健全，院长、副院长分工逐步细化；医院管理逐步规范，各项管理制度进一步规范。随着2013年省委统战部强基工程在医院揭牌，省帮扶团队的专家定期到医院坐诊，医院开展了许多新技术，如无痛分娩、全髋关节移植、无痛胃肠镜手术和早产儿养护、恶性肿瘤综合治疗、宫颈癌前期病变筛查、不孕不育特色疗法等技术；引进了许多新设备，如大型胃肠透视机、全自动生化分析仪、四维彩超、CR拍片机、螺旋CT、宫腹腔镜、心脏彩超、新生儿序贯治疗四合一呼吸机、全数字钼靶机、不孕不育诊断治疗仪等一大批高端仪器设备；推广了许多新理念服务，如车接车送、亲情病房、营养餐等；实施了许多新的管理措施，如通过电话随访群众、发放调查问卷了解群众、召开座谈会征求群众意见等；组织了许多公益活动，如组织员工无偿献血、慰问孤寡老人、到乡村为老百姓义诊等；落实了许多惠民政策，如对困难群众实行先入院治疗后付费、适当减免医疗费、免除医疗费等措施，较好的服务方便了群众，赢得了广大患者和群众的赞誉，深受各级领导和社会各界的好评。为丰富员工生活，在六一儿童节、三八妇女节、九九老人节举办了不同形式的文艺活动，每年组织员工及家属外出旅游，愉悦了心情，密切了关系、增强了大家的集体荣誉感。2017年12月，同菏泽市立医院结成医疗联合体，市立医院每天派专家到医院坐诊，实现了优势互补，开通了危急病员转送绿色通道，让百姓不出鄄城就能享受到省市医疗专家诊治，为医院进一步发展奠定了坚实基础。